战国末年，秦国在其辖境行郡县制。秦王二十四年（公元前223年），秦将王翦俘楚王负刍，以长江以北楚国之地建楚郡；二十五年，王翦逐次攻取楚国在长江以南之地，遂将楚郡分为九江郡、鄣郡、会稽郡；二十六年（公元前221年），秦统一中国，正式在全国推行郡县制，分天下为三十六郡，吴地属会稽郡，郡治在吴国故都（即今苏州城址），并以郡治所在地设吴县，为所辖二十六县之首邑，吴县之得名自此始。秦二世元年（公元前209年），项梁、项羽在吴县起兵反秦。秦亡后，楚汉相争中项羽自立为西楚霸王，领梁、楚等九郡，会稽郡亦属楚。

汉朝高祖五年（公元前202年），刘邦攻灭项羽，汉将灌婴乘胜过江，攻破吴县，略定会稽。同年，刘邦封韩信为楚王，会稽等郡属楚王封地。次年刘邦降韩信为淮阴候，分其封地东部会稽等三郡五十二城改建荆国，以其从兄刘贾为荆王，领会稽郡，都吴；十一年（公元前196年）英布反汉，杀刘贾，占领荆国封地。次年刘邦平定英布之叛，废荆国仍复为会稽郡。同年封刘濞为吴王，会稽郡遂属吴国封地。文帝前元九年（公元前171年），鄣郡并入会稽郡，郡治一度由吴县移至鄣郡（今浙江安吉县与长兴县之间），7年后复治吴县。景帝三年（公元前154年），刘濞谋叛伏诛，废吴国，复为会稽郡，领县二十四，吴县仍为首邑。元封五年（公元前106年），汉武帝为加强对地方的控制，分全国为十三州部，每州设刺史一人。会稽郡属扬州刺史。此时州尚不属正式行政区域。王莽篡汉建新朝，改吴县为泰德县。王莽新朝覆灭后，东汉光武帝于建武元年（公元25年）复改泰德县为吴县。汉顺帝时因会稽郡幅员辽阔，不便管理，遂于永建四年（公元129年）析郡地东北部另置吴郡，西南部仍为会稽郡。新置吴郡领县十三，吴县为首邑，郡